وقامت عملية التخطيط المساحي البحري بلعب دور المنسق بين الاستخدامات المتعددة للبيئة البحرية، والتي تشمل الطاقة والمرافق العامة، والترفيه، والمحافظة على البيئة، والنقل والشحن، وتربية الأحياء المائية، حيث تدير بعناية هذه العملية لضمان عدم تأثيرها على الموائل البحرية، ولتحقيق الاستغلال الأمثل لموارد المشروع. ولإثراء هذه العملية، استعانت جامعة الملك عبد الله للعلوم والتقنية بمجموعة من علماء الأحياء والبيئة والمحيطات وواضعي النماذج المناخية للعمل جنباً إلى جنب مع فريق مهندسي شركة البحر الأحمر للتطوير، بهدف إنجاز المشروع الذي يسعى إلى تحقيق قيمة كبيرة تعود بالفائدة على الكائنات الحية المهددة بالانقراض والمستوطنة في هذه البيئة، وتعزيز حمايتها والحفاظ عليها.
ولعبت الشراكة البيئية التي عقدتها الشركة مع (كاوست)، دوراً مهماً في تصميم المخطط العام حيث من المتوقع تحقيق نسبة استفادة في المحافظة على البيئة تزيد عن 30% من القيم الحالية.
وسيكفل المخطط العام لمشروع البحر الأحمر عدم المساس بـ 75% من جزر الوجهة، كما تم اقتراح تحييد تسعُ جزر عن عملية التطوير واعتبارها "مواقع بيئية ذات قيمة"، ستحفظ دورة حياة الكائنات الحية النادرة التي تعيش وتزدهر في هذه المناطق.
